É um agrônomo, economista e professor brasileiro. Em outubro de 1968, era estudante da FFLCH-USP e presidente do grêmio da faculdade quando ocorreu a chamada Batalha da Maria Antônia, que resultou na destruição do prédio por estudantes do Instituto Presbiteriano Mackenzie ligados ao CCC. Logo depois, José Eli participou do XXX Congresso da UNE (entidade proscrita pelo regime militar), no município de Ibiúna, quando os participantes do evento, inclusive ele próprio, acabaram sendo presos pela Força Pública do Estado de São Paulo e posteriormente fichados pelo DEOPS.

É professor titular (aposentado) do Departamento de Economia da Faculdade de Economia, Administração e Contabilidade da Universidade de São Paulo (FEA-USP) e pesquisador de seu Núcleo de Economia Socioambiental (NESA). É professor do Programa de Pós-Graduação do Instituto de Relações Internacionais da Universidade de São Paulo (IRIUSP) e do Instituto de Pesquisas Ecológicas-IPÊ.

Atualmente é professor sênior do Instituto de Energia e Ambiente da Universidade de São Paulo (IEE/USP) e orientador do Programa de Pós-Graduação em Relações Internacionais). Autor ou coautor de vários livros e de inúmeros artigos publicados em periódicos científicos nacionais e estrangeiros, é também colunista do jornal Valor Econômico e da revista Página22.